はじめに

千葉大学真菌医学研究センターでは、H25年度の学長裁量経費の支援を受けて、PCクラスターシステムを増設致しました。本システムは、管理サーバー、ファイルサーバー、計算サーバー(4台)で構成されています。

千葉大学の計算リソースとして運用する方針ですので、生命科学研究に限らず学内の研究者の方は無償で利用することが可能です。

申請を希望される方は、利用申請書をご記入の上、学内便にて送付して下さい。


計算ノード
ノード名 CPU CPU数 コア数 メモリ容量
susanoo Xeon E5-2690(2.90GHz/8コア/20MB) 2 16 256GB
adenine Xeon E5-2697v2(2.70GHz/12コア/30MB) 2 24 64GB
cytosine Xeon E5-2697v2(2.70GHz/12コア/30MB) 2 24 64GB
guanine Xeon E5-2697v2(2.70GHz/12コア/30MB) 2 24 64GB

使用方法

izanami.pf.chiba-u.jpにログインし、qsubコマンドにてジョブを投入する。もしくは、izanamiから各計算ノードに(susanno, adenine, cytosine, guanine)にログイン後(例 $ssh susanoo)、計算を実行する。

qsubコマンドに関しては、こちらを参照して下さい。

ファイルの転送は、転送ソフト(FileZilla)、scpコマンド等で実行して下さい。

ログインの例

$ssh user@izanami.pf.chiba-u.jp

シェルファイルの例(test.sh)

#!/bin/bash
#PBS -N Myjob
#PBS -q Q2
#PBS -l nodes=1:ppn=6,walltime=100:00:00

cd $PBS_O_WORKDIR

blastall -p blastn -d bacteria -i ecoli_chiba.fa -a 6 -b 10 -e 1-6 -o ecoli_HT.out -m 8 -F F

実行方法例

$qsub test.sh  ##ジョブの実行
$qstat -ans    ##実行中のジョブの確認

その他、注意事項

ソフトウエア

OSとしてCentOSを採用しています。ジョブ管理システムとして、TORQUEを利用しています。
主に、次世代シーケンスデータ解析用のソフトウエアをインストールしています。追加の要望はメールにてお問い合わせ下さい。

OS
ノード バージョン
susanoo CentOS release 6.4 (Final)
adenine CentOS release 6.4 (Final)
cytosine CentOS release 6.4 (Final)
guanine CentOS release 6.4 (Final)

インストール済みソフトウエア
ソフトウエア バージョン
blastall 2.2.25
blast+ 2.2.28+
samtools 0.1.9-44428cd
bowtie2 2.2.5
bwa 0.7.5a-r405
tophat v2.0.14
cufflinks v2.2.1
Trinity v2.0.6
velvet 1.2.09
HTSeq 0.6.0

コンパイラ・言語
コンパイラ/言語 バージョン インストールパス
gcc 4.4.7 /usr/bin/gcc
g++ 4.4.7 /usr/bin/g++
java 1.7.0_09-icedtea /usr/bin/java
python 2.6.6 /usr/bin/python
ruby 1.8.7 /usr/bin/ruby
perl v5.10.1 /usr/bin/perl

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